Впервые для управления здравоохранением Петербурга и губернии, включая судебно-медицинскую деятельность, в 1720-х годах была создана должность штадт-физика в Медицинской канцелярии. Эта должность постепенно превратилась в учреждение под названием Физикат, которое существовало около ста лет. Физикат выполнял множество обязанностей, включая экспертизу живых лиц. Исследования трупов возлагались на врачей полиции и уездов под контролем Физиката.

14 июля 1868 года Физикат был заменен Врачебным управлением в С.-Петербурге, а также было создано Врачебное отделение Петербургского губернского правления. Оба учреждения имели единого руководителя – штадт-физика, и общий совещательный и комиссионный экспертный орган – врачебное присутствие.

17 июля 1871 года С.-Петербург был выделен из состава губернии с образованием градоначальства. 20 марта 1873 года было создано С.-Петербургское столичное врачебное управление (СВУ), а должность штадт-физика была заменена должностью инспектора СВУ.

Судебно-медицинская экспертная служба в Петрограде, в настоящее время называемая Санкт-Петербургским государственным бюджетным учреждением здравоохранения "Бюро судебно-медицинской экспертизы" (СПб ГБУЗ БСМЭ), была создана Комиссариатом здравоохранения Петроградской Трудовой Коммуны 9 апреля 1918 года. Большинство бывших полицейских врачей и других служащих продолжили работу в советское время, некоторые из них умерли на боевом посту во время блокады Ленинграда.

Первым руководителем созданного учреждения был назначен бывший сверхштатный старший медицинский чиновник Управления Главного врачебного инспектора МВД Андрей Павлович Прейн.